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En la infraestructura de la UNI existen dos bibliotecas, una en cada recinto. La Biblioteca "Esmán Marín" del RUSB y la Biblioteca "Francisco Buitrago" del RUPAP, ambas inician labores en 1983 con la creación de la Universidad Nacional de Ingeniería, para reunir en un solo campus todas las carreras de ingeniería y arquitectura que en la época se compartían en diferentes universidades.
Ante este hecho, se inicia la recopilación del material bibliográfico existente en la UCA, UNAN y el ITESPAP (Instituto Tecnológico Superior "Pedro Arauz Palacios") con el material que conforma las bibliotecas de la UNI.
Posteriormente, en 1989, con el interés de las autoridades y el apoyo financiero de organismos internacionales, se logró fortalecer las bibliotecas con el proyecto "NICARAHUAC", que permitió la remodelación de los edificios, además se amplió y equipó grandemente la colección.
Sin embargo, durante el período de junio 90 a junio del 94 el departamento de biblioteca pasó a depender de la Secretaría General de la UNI, entonces cada biblioteca comenzó a trabajar independiente, se descentralizaron los procesos. La biblioteca del RUSB fue administrada por una directora y una subdirectora y la biblioteca Julio Buitrago del RUPAP, también con una subdirectora con funciones de directora.